Para ativar ou desativar o Register Globals o php, dentro da pasta do site, é muito simples, basta criar um arquivo chamado .htaccess com o seguinte conteúdo para desativar:

#desativando ou ativado o registers globals do php na pasta
php_flag register_globals off
Order allow,deny
Allow from all

Para ativar:

#desativando ou ativado o registers globals do php na pasta
php_flag register_globals On
Order allow,deny
Allow from all